从科学的角度来说，卧室有两个窗户确实不好； 这是因为在卧室有两个窗口的情况下，白天卧室会存在两个不同的光照角度，晚上则会出现两个不同的影子。这样的设计其实非常不利于睡眠者，因为人体需要一个相对固定的光照条件和运动轨迹来确认“白天”和“晚上”、“起床”和“就寝”的时间点，进而调整自己的生理状态。如果光线经常变化，就会让人类生物钟产生错乱，导致睡觉时间不清楚，容易失眠或者早醒。
但是，请注意我说的窗户是指正常的房间窗户，如果是特殊的户型，比如西晒（下午阳光直射），或者东晒（早晨阳光直射），那肯定是不合适的——毕竟，夏天过去就过去了，可太阳每天都会回来。这种无法改变的自然因素造成的卧室两个窗的问题，与上面所说的室内灯光问题不可同日而语。 所以，从科学的方面来讲，题主卧室的窗户应该只有一个，且需要尽量密闭，防止外部噪音和光线进入影响你的休息。
但，生活不是靠科学所能完全确定的，特别是对于传统中式装修来说，拥有两个窗户的房间往往更能体现那种古典、静谧的氛围。所以，如果真的不喜欢，可以采用一些简单的方法进行处理。如使用厚窗帘遮挡、挂上布幔等，都可以起到一定的效果。
韶颖露优质答主两个窗户相对的卧室叫做穿心房，这种卧室在传统的风水理论中有煞气的说法，一般认为这种卧室的人身体不会太康宁。实际上，两个窗户相对，从建筑设计角度来看，是增加卧室通风性的措施，并没有风水一说。有穿心房的卧室，有以下几点需要注意：
1、如果有小孩的卧室，不建议睡穿心房，老人和夫妻也可以选择其他房间休息，避免长期处于这种卧室；
2、两个窗户有市政道路，甚至十字路口穿心而过的，更要重视其带来的生煞之气，避免长期居住，否则会影响人的事业和身体。
3、如果有条件，且居室面积较大，可以将有穿心房的卧室打乱，变为两个卧室，这样就解决风水煞气的说法。
4、用厚窗帘遮住一个窗户，也是解决穿心房煞气的措施，在选择窗帘的时候，要选择厚实的窗帘，这样才能达到阻隔煞气的目的。如果窗户较大，建议制作两层窗帘，一层薄的纱帘，一层厚窗帘，以更好的起到遮挡作用。
5、选择床的位置时，不要让床正对窗户，防止直接遭受煞气袭击，可选择将床的侧面靠窗。如果窗户面积非常大，比如现代很多复式公寓采用落地玻璃窗，那么选择床的时候，注意不要让睡眠时头部处于玻璃窗正对面即可。
6、挂彩色帘，可以在卧室两窗户正中拉一个颜色艳丽的帘子，防止煞气进入卧室。
总得来说，两个窗户相对的卧室，也并不是不能够居住，在风水上还是有很多补救措施的，而从建筑角度来看，有两大窗户，通风性也更好，可以将室内坏的空气及时排出。
