在建筑学上，对房屋楼层的划分并不是以人们通常认为的一楼到三楼这样来区分的，而是以室内地坪（或室外地坪）高度划分，即一层指的是室外地坪（或者室外地面）以上首层，二层指室外地坪（或室外地面）以上二层楼面，三层同上。 所以别墅的二层其实就等同于普通住宅的地下室了，只不过这栋别墅的地下室没有作为地下停车空间使用而已。所以题主可以把它当作普通的住宅楼来对待。
从建筑功能上考虑，把别墅的二层层高减到4.5米是最合适的，这样可以保证采光和通风要求。如果确实要改得更有创意，也可以结合建筑外观、结构特点等进行设计。例如可以把这个区域建成夹层，上面作为书房或休闲厅，下面作为储物间；或者把此处建成复式结构，上面作为客厅或其他房间，下面作为储物间等，方法很多。不过我认为最好的方式还是保持现有格局不变，在二层外面挑一圈护栏，使二层成为一个独立的空间，既满足采光和通风要求，又保持了私密性，还便于上下楼梯。
靳淏天优质答主在隔层选材上，玻璃和轻钢龙骨等都是大家比较容易接受的材料。目前，轻钢龙骨主要用于家庭装修中的吊顶施工和家庭影院的装饰。其实，它还非常适合用于复式别墅的楼层架设。作为地面材料，轻钢龙骨承重效果好，还比较经济实惠，因此逐渐被人们所接收。
轻钢龙骨隔层的施工
用膨胀螺栓(5mm×120mm)将楼板和承载用的工字钢相链接。工字钢可用8号槽钢制作成。工字钢架设完毕经过检测合格后，方可进行轻钢龙骨铺设。应将纵向龙骨与工字钢作牢固链接，间距不要超过400mm。按照“U”行龙骨安装标准，再安装横向龙骨。然后在龙骨上铺设OK板或木板。OK板厚度一般为15mm，木板厚度最好不要低于18mm。在面板上还要铺一层隔音毡，再铺一层装饰板。
玻璃隔层的施工
玻璃多用于做复式别墅的栏杆。常用的钢化玻璃厚度一般在10mm以上。钢化玻璃做地面时必须用钢龙骨架设。施工前也要用膨胀螺栓在楼板上打好基座。钢龙骨由50mm×50mm的方钢制成。方钢之间用扁铁焊接牢固，方钢架设完毕经过检测合格后，方可将钢化玻璃放在上面。可打蜡做抛光处理或喷漆处理使钢化玻璃与方钢自然融合，也可以用扁铁等作镶边处理。
在做玻璃隔层时，下面要加一层细钢丝网，以增强钢化玻璃的抗击性能，钢丝网要与承载的方钢相连接。玻璃上面也最好铺一层OK板，这样可以减少噪音，增加舒适度。如果觉得多层铺设有些笨重，可以在钢化玻璃上直接做装饰处理，然后铺一层装饰板。
